Thế giới luôn đầy rẫy những bí ẩn, nhưng ít ai có thể tưởng tượng được những vụ mất tích kỳ lạ của những nhân vật lịch sử nổi tiếng lại chứa đựng những bí mật kinh hoàng. Câu chuyện của chúng ta bắt đầu tại một thư viện cổ kính ở trung tâm London, nơi nhà nghiên cứu lịch sử, Tiến sĩ Alexander Crane, tình cờ phát hiện ra một hồ sơ bị lãng quên từ lâu. Hồ sơ này chứa đựng thông tin về sự biến mất của ba nhân vật lịch sử nổi tiếng: Nữ hoàng Cleopatra, nhà thám hiểm Percy Fawcett và nhà bác học Nikola Tesla.
Cleopatra, vị nữ hoàng quyền lực của Ai Cập, biến mất một cách bí ẩn sau cuộc chiến với Đế chế La Mã. Tiến sĩ Crane bắt đầu cuộc điều tra của mình bằng cách tìm kiếm những manh mối còn sót lại trong các bản ghi chép cổ đại và các di chỉ khảo cổ. Qua nhiều nghiên cứu, ông phát hiện ra rằng Cleopatra có thể đã trốn thoát và sống ẩn dật dưới một danh tính khác, nhằm bảo vệ nền văn minh của mình khỏi sự xâm lăng của người La Mã. Manh mối cuối cùng dẫn ông đến một ngôi mộ cổ, nơi có khắc hình ảnh của một người phụ nữ giống hệt Cleopatra, sống bình yên giữa những người dân thường.
Percy Fawcett, nhà thám hiểm người Anh, nổi tiếng với cuộc hành trình tìm kiếm thành phố Z huyền thoại ở rừng Amazon, đã biến mất không dấu vết vào năm 1925. Tiến sĩ Crane theo dấu hành trình cuối cùng của Fawcett, từ những thư từ cá nhân đến các bản đồ cũ kỹ. Ông đã đến tận Amazon, vượt qua những khu rừng rậm rạp và nguy hiểm. Cuối cùng, Crane phát hiện ra một bộ tộc bí ẩn, những người khẳng định rằng họ đã gặp một người đàn ông giống Fawcett và anh ta đã quyết định ở lại để bảo vệ bí mật của thành phố Z. Câu chuyện của họ khiến Crane tin rằng Fawcett có thể đã tìm thấy thành phố nhưng quyết định giữ bí mật để bảo vệ nó khỏi thế giới bên ngoài.
Nhà bác học thiên tài Nikola Tesla, người tiên phong trong việc phát triển công nghệ điện và từ trường, đã biến mất khỏi công chúng vào những năm cuối đời. Các phát minh và tài liệu của ông cũng biến mất một cách kỳ lạ. Tiến sĩ Crane phát hiện ra rằng Tesla đã nghiên cứu về khả năng du hành thời gian và dịch chuyển tức thời. Những ghi chép còn sót lại của Tesla chỉ ra rằng ông đã thực hiện một thí nghiệm cuối cùng và tự dịch chuyển mình đến một thời gian khác. Sự biến mất của Tesla để lại nhiều câu hỏi không lời giải, nhưng những nghiên cứu của ông đã mở ra những khả năng vô tận về khoa học và công nghệ.
Trong quá trình điều tra, Tiến sĩ Crane nhận thấy một mối liên kết kỳ lạ giữa các vụ mất tích này. Ông phát hiện ra rằng tất cả những nhân vật này đều có liên quan đến một hội kín, tên là "Hội Bảo Vệ Bí Mật". Hội này tồn tại từ thời cổ đại, mục tiêu của họ là bảo vệ những bí mật quan trọng của nhân loại khỏi sự lạm dụng và hủy diệt. Các nhân vật lịch sử nổi tiếng như Cleopatra, Fawcett và Tesla đều là thành viên của hội và họ đã chọn biến mất để bảo vệ những bí mật này.
Với sự giúp đỡ của một người bạn cũ, nhà mật mã học Emily Dawson, Tiến sĩ Crane giải mã các tài liệu mật và tìm ra vị trí của trụ sở chính của Hội Bảo Vệ Bí Mật. Họ phát hiện ra rằng hội vẫn còn hoạt động và tiếp tục bảo vệ những bí mật quan trọng của nhân loại. Crane và Dawson được mời tham gia vào hội và họ quyết định giữ bí mật này, tiếp tục công việc bảo vệ những kiến thức quan trọng khỏi sự lạm dụng.